认知治疗可应用于治疗许多心理问题。其中最主要的是治疗情绪抑郁的病人。但对于精神病性抑郁病人，效果可能较差。认知治疗还可作为神经性厌食症、性功能障碍和酒精中毒等病人的治疗方法之一。

　　此外，认知治疗还可适用于治疗焦虑障碍、社交恐惧、偏头痛、考前紧张焦虑、情绪的激怒，以及慢性疼痛病人。对于海洛因成瘾病人，认知治疗可作为辅助手段，加强治疗效果。近年来并发现，认知治疗与药物治疗合用，可治疗某些精神分裂症病人的妄想。