认知治疗的过程约十二周，会谈约十五次，每次交谈的时间有一定限制，约三十至四十分钟。一般可将整个过程分为初期、中期和后期三个阶段。

1.治疗初期

　　第一次与当事人会谈的主要目标是尽可能减轻当事人的一些症状。在开始的二到三次会谈中，治疗师应该找出和确定当事人的主要问题，并且制定出一些处置问题的策略来指导帮助当事人。

　　找出和确定主要问题应贯穿在整个治疗的初期阶段。在这期间，治疗师与当事人共同找出问题的症结。紧接着是对各种问题进行排列，讨论哪一个问题是最主要的。必须准确地评估思维、生活环境和情绪之间的关系。

　　在治疗初期，另一个目标是设法向当事人说明认知和情绪之间的密切关系。力图找出消极的不合理的思维内容，并指出这些思想与情绪变化上的关系。尽早布置一些家庭认知作业，透过这些作业，促使当事人自己认识到认知与情绪间的密切关联。

2.治疗中期

　　侧重比较复杂的问题，其中包括功能失调性的思想和行为。治疗师的工作在于帮助当事人及早掌握使用和练习新学习的概念，不断反复练习和应用合理的反应方式，取代功能失调性思想。

3.治疗后期

　　注重矫正当事人的自动化思想。当当事人感到抑郁或焦虑开始减轻后，治疗师和当事人的注意力应从特殊问题转移到病人当作普遍规律的假设上来。这些适应不良性假设的形成往往与当事人的个体发育、学习经历有很大的关系。认知疗法的基本目标就是拮抗这些适应不良性假设的作用，并用新的、更趋于现实水平的认知系统来取代。

当当事人逐步好转、能比较现实、客观地应付和处理生活中的压力时，认知疗法的会谈次数将逐渐减少，最终告一段落，结束疗程。